Jeotermal sistemlerde enerji elde edilirken önemli boyutlarda çevre kirlenmesi olabilir. Bu nedenle tesis kurulurken jeotermal kaynakların çevre üzerindeki etkileri dikkatle değerlendirilmelidir.
Jeotermal enerjiden elektrik elde edilen sistemlerin dönüşüm verimlilikleri düşük olduğu için, çevreye büyük miktarda ısı bırakılır. Atık ısı büyük bir alana yayılır ve yerel iklimde değişiklikler yapabilir. Ayrıca atıksıların borularla yakınlardaki akarsu ve göllere verilmesi de yerel ekolojiyietkileyebilir. Isının bu şekilde çevreyi etkilemesi ve boşa harcanmasının önlenmesi, kaynağın kullanım çeşitliliğini arttırmakla olur. Çevreye verilerek harcanan ısı; konutısıtması ya da proses ısısı olarak kullanmak amacıyla geri kazanılabilir.
Jeotermal kuyuların çevre üzerine diğer bir fiziksel etkisi de gürültüdür. Kuyularda çalışılırken gürültü 120 db.’i aşabilir. Bu gürültü, susturucu olarak adlandırılan atmosferik separatörlerle daha aza indirilebilir.
Jeotermal enerji santrallerinde gaz ve sıvıların bırakılması kimyasal kirlenmeye yol açar. Jeotermal enerjikullanılırken H2S ve CO2 açığa çıkar. H2S’ün kötü kokusu ve zehirleyici etkisi vardır.
ABD‘de H2S’ün jeotermal buhardan ayrılması zorunlu tutulmaktadır. CO2, jeotermal gazların en önemli bileşeni olup, toplam içinde %95 oranında bulunur. Atmosferde bugazın artmasının en büyük nedeni fosil yakıtlardan enerjielde edilmesidir. Halbuki jeotermal enerji nedeniyle açığa çıkan CO2 miktarı oran olarak daha azdır. Türkiye’de jeotermal bir alan olan Kızıldere sahasında çıkan CO2’ın miktarı 750 g/kwh oranıyla oldukça yüksek olduğundan tamamı atmosfere verilmemekte ve önemli bir kısmından kuru buz elde edilmesinde yararlanılmaktadır.
Jeotermal atıksılarda bulunan kimyasalların etkisi daha da önemlidir. Toplam çözünmüş madde miktarı fazla olmasa dabor gibi bazı kimyasal maddeler bitkiler için tehlikeli olabilir. Son yıllarda yapılan çalışmalar sonucunda jeotermalatıksılardan silika, lityum, borik asit ve arsenik gibi kimyasal maddelerin ayrılabildiği belirlenmiştir.
Gelişen teknolojiye ve duyulan ihtiyaca göre atık su içindeki bazı kimyasal maddeler üretilerek, akışkan bu yönden de zararsız hale getirilebilmektedir. Ayrıca, atık akışkan dinlendirme havuzlarında bekletilerek bazı bileşenler havuzlarda çöktürülmekte ve su arındırılmaktadır. Denize yakın bazı jeotermal alanlarda ise, akışkan kimyasal yönden deniz suyu karakterindedir. Bu nedenle bazı durumlarda atık suyun denize gönderilmesi bir sorun yaratmamaktadır. Atık suyun yeraltına tekrar basılması ise, hem kirliliği önlemek hem de jeotermal rezervuarın hidrolik olarak beslenmesi açısından önemlidir. Bu nedenle birçok jeotermal alanda da bu yöntem uygulanmaktadır.
Jeotermal kuyu platformları için 1.000 – 2.500 m2 alana ihtiyaç vardır. Ayrıca kuyulardansantrale giden ve buhar taşıyan borular oldukça büyük bir alan kaplar. Bu yüzden jeotermal santraller, tüm tesisleriyle benzer kapasitedeki fosil yakıtlı santrallere göre daha fazla yer kaplar. Bu sorun birçok platform açmak yerine tek platformda birçok eğik kuyu yapılarak en alt düzeye indirilebilmektedir.
Soğutma suyu tüketiminin çevreye etkisi de jeotermal santraller için önemli bir konudur. Yeraltı su akışı üzerindeki potansiyel etkinin yanında, büyük hacimlerdeki suyun buharlaşması yerel iklimi etkiler. Su durumunun kritik olduğu yerlerde sulu soğutma yerine kuru soğutma tercih edilmelidir.
Atık su bazı durumlarda yüksek oranda çözünmüş madde içerebilir. Bu çözünmüş maddeler, soğuma etkisiyle çökelirler. Bu maddeler ne kimyasal olarak reaksiyona girerler ne de zehirlidirler; bu sebeple gömüldüklerinde bu sorun kolayca ortadan kaldırılabilir.
Jeotermal enerji, fosil yakıtların tüketimi ve bunların kullanımından doğan sera etkisi ve asit yağmurları gibi çevre sorunlarının önlenmesi açısından da büyük önem taşımaktadır. Bu durum öncelikle, jeotermal enerjinin çevre yönünden diğer enerji türlerine kıyasla sahip olduğu doğal üstünlüklerden kaynaklanmaktadır. Öte yandan jeotermal enerjinin kullanımıyla ilgili olarak söz konusu edilen çevre sorunlarının çözümü konusunda da son zamanlarda önemli gelişmeler sağlanmıştır.